いまさら聞けない学術出版用語：PubMedとは？ 「PubMedで検索できる」と「MEDLINE収載」は何が違うのか
PubMedで論文が検索できても、その論文を掲載したジャーナルがMEDLINEに収載されているとは限りません。違いを理解するには、PubMed、MEDLINE、PubMed Central（PMC）の関係を知る必要があります。
本記事では、それぞれの役割と、ジャーナルの収載状況を確認する方法を解説します。
PubMedには、どこから論文情報が集まってくるのか？
PubMedは、医学・生命科学分野の無料の文献検索サービスです。米国国立医学図書館（NLM）の国立生物工学情報センター（NCBI）が運営しており、論文のタイトル、著者、掲載誌、抄録などを検索できます。
PubMed自体は論文全文を保存するサービスではありません。検索結果から出版社のウェブサイトや全文アーカイブへアクセスできる場合もありますが、すべての論文を無料で読めるわけではありません。
PubMedでは、主に次の3つの情報源から文献を検索できます。
情報源 | 主な役割 |
MEDLINE | 医学・生命科学分野の書誌情報を提供します。 |
PubMed Central（PMC） | 論文全文を保存・公開します。 |
Bookshelf | 医学・生命科学関連の書籍や報告書などの全文を提供します。 |
MEDLINEはPubMedの最大の構成要素であり、PMCに保存された論文の書誌情報もPubMedで検索できます。
なお、出版社やジャーナルがPubMedに直接収載を申請する制度はありません。出版社が自社の出版物をPubMedで検索できるようにしたい場合には、出版物の種類に応じてMEDLINE、PMC、Bookshelfのいずれかに申請し、NLMによる選定を受ける必要があります。
MEDLINEとPMCは何が違うのか？
MEDLINEとPMCは、どちらもNLMが提供していますが、目的と仕組みが異なります。
MEDLINEは、選定されたジャーナルの論文情報を扱う書誌データベースです。
ジャーナルがMEDLINEに収載されるには、NLMによる審査を受ける必要があります。審査では、対象分野や科学的・編集的な質などが評価され、外部専門家の意見も考慮されます。
MEDLINEの特徴の一つが、MeSH（Medical Subject Headings）という統制された医学用語による索引付けです。同じ医学的概念に複数の呼び方があっても、MeSHを利用することで関連文献を探しやすくなります。MEDLINEの索引付けは2022年に自動化され、現在は機械学習を利用したMTIXというシステムが使われています。
一方、PMCは論文全文を保存・公開する電子アーカイブです。
PMCには、NLMが審査・選定したジャーナルの論文全文に加え、研究助成機関の公開方針に従って寄託された個別論文も保存されています。ジャーナル単位で参加する場合には、MEDLINEと同様、科学的・編集的な質などの審査があります。
また、PMCにはNIH Preprint Pilotを通じて収集された一部のプレプリントも含まれます。プレプリントについては、過去記事「査読の前に研究を公開するという選択肢──プレプリントとPreprints.orgの基礎知識」でも紹介しています。
両者の違いを整理すると、次のようになります。
項目 | MEDLINE | PMC |
主な役割 | 書誌データベース | 全文アーカイブ |
主な内容 | 書誌情報、抄録、MeSHなど | 出版された論文全文、著者最終稿など |
選定・保存の単位 | ジャーナル単位で審査 | ジャーナル単位の選定に加え、個別論文の保存もあります |
全文の閲覧 | 原則として外部サイトへのリンクを通じて閲覧します | 保存された全文をPMCで閲覧できます |
なぜMEDLINE非収載のジャーナルの論文がPubMedで検索できるのか？
MEDLINEに収載されていないジャーナルの論文がPubMedで検索できる理由として、次のようなケースがあります。
パターンA：ジャーナルがPMCに参加している場合
あるジャーナルがMEDLINEには収載されていなくても、PMCの審査を経て参加し、論文全文を保存している場合があります。
PMCに保存された論文の書誌情報はPubMedで検索できます。したがって、PubMedでそのジャーナルの論文が多数見つかっても、MEDLINEに収載されているとは限りません。
パターンB：個別の論文がPMCに保存される場合
ジャーナル自体はMEDLINEに収載されておらず、PMCのジャーナル参加制度の対象でもない場合でも、個別の論文がPMCに保存されることがあります。
例えば、NIHの助成を受けた研究成果について、公開方針に従って採択後の著者最終稿がPMCに保存される場合です。出版社が、オープンアクセスの取り決めや所定の条件を満たす論文を個別に寄託するSelective Depositという仕組みもあります。
NIHの公開方針は、日本の研究者にも関係することがあります。国際共同研究による共著論文がNIHの助成を受けた研究の成果である場合などには、公開方針の適用対象となり得ます。
つまり、PubMedで個別の論文が検索できることと、ジャーナル全体がMEDLINEに収載されていることは区別する必要があります。
ジャーナルの収載状況を確認するには？
PubMedで論文が検索できることだけでは、ジャーナルの収載状況を判断できません。確認には、NLMが提供する次の2つのサービスを使います。
NLM CatalogでMEDLINEの収載状況を調べる
MEDLINEへの収載状況は、NLM Catalogで確認できます。
ジャーナル名またはISSNを入力して検索し、該当するジャーナルの詳細情報を開きます。確認したいのは、次の2つの項目です。
Current Indexing Status（現在の索引付け状況）：現在MEDLINEに収載されているかを示します。「Currently indexed for MEDLINE」は現在収載されていること、「Not currently indexed for MEDLINE」は現在収載されていないことを意味します。
In（収載先とその期間など）：MEDLINEへの収載履歴がある場合には、収載期間が表示されます。「MEDLINE: v1n1, Dec. 2020-」のように、巻号と年月で示される場合もあります。
「In」にはMEDLINE以外の情報が表示されることもあります。例えば、「PubMed: Selected citations only」と表示されるジャーナルでは、一部の論文だけがPubMedで検索できることを示しています。
この場合、「Current Indexing Status」に「Not currently indexed for MEDLINE」と表示されることがあります。PubMedで一部の論文が検索できることと、MEDLINEへの収載状況を混同しないよう注意してください。
ジャーナルは収載後もNLMの基準を満たし続ける必要があり、索引付けが停止されることもあります。そのため、現在の収載状況と過去の収載履歴を区別することが重要です。
なお、NLM Catalogにジャーナルの記録があるだけでは、MEDLINEやPMCに含まれている証明にはなりません。必ず詳細情報を確認してください。
現在MEDLINEに収載されているジャーナルの一覧は、NLM Catalogで「currentlyindexed」と検索して確認することもできます。
ISSNについては、過去記事「いまさら聞けない学術出版用語：ISSNとは？ DOIやISBNと何が違うのか」をご参照ください。
PMC Journal Listで全文の保存状況を調べる
PMCへのジャーナル単位の参加状況は、PMC Journal Listで調べられます。
ジャーナル名で検索し、該当する記録の「Agreement Status（契約状況）」と「Agreement to Deposit（寄託の範囲）」を確認します。
Agreement Statusが「Active」であれば、現在も契約に基づいて論文が寄託されていることを意味します。
Agreement to Depositには、次の区分があります。
表示 | 意味 |
All articles | 契約で対象とする各号・各巻の全論文を寄託します。 |
NIH-funded articles | NIHの助成を受けた論文を寄託します。助成対象外の論文が追加される場合もあります。 |
「All articles」と表示されていても、創刊以来の全論文が保存されているとは限りません。保存されている最も古い巻号と新しい巻号を示す「Earliest」「Most Recent」や、保存範囲の欠落・契約変更などがある場合に表示される「Journal Note」も確認するとよいでしょう。
なお、研究助成機関の公開方針に従って著者が個別に寄託した論文や、出版社がSelective Depositで個別に寄託した論文だけが保存されているジャーナルは、PMC Journal Listの検索対象には含まれません。
一覧にジャーナル名が見つからない場合でも、個別論文の保存状況はPMCで検索して確認できます。
データベースへの収載は、論文の品質を保証するのか？
MEDLINEやPMCには、ジャーナルの科学的・編集的な質を確認する選定制度があります。しかし、データベースに含まれていることが、個々の論文の内容や結論を保証するわけではありません。
NLMは、PubMed、MEDLINE、PMCに論文や書誌情報が含まれていることは、その内容に対するNLMやNIHの支持・承認を意味しないと明記しています。
逆に、MEDLINEに収載されていないという理由だけで、個々の論文の品質が低いと判断することも適切ではありません。
ジャーナルの信頼性を確認する際の考え方については、過去記事「研究者・研究支援担当者のためのジャーナル確認ガイド～査読、収載、指標、オープンアクセスモデルをどう見るか」でも解説しています。
まとめ
PubMedは医学・生命科学分野の文献を検索するサービス、MEDLINEは選定されたジャーナルの書誌データベース、PMCは論文全文を保存・公開するアーカイブです。
PubMedで論文が検索できても、そのジャーナルがMEDLINEに収載されているとは限りません。また、PMCではジャーナル全体だけでなく、個別の論文が保存される場合もあります。
文献を探す場合はPubMedを利用し、ジャーナルの収載状況を調べる場合はNLM CatalogやPMC Journal Listで、それぞれの収載・保存状況を確認するのが良いのではないでしょうか。
参考資料
本記事は、米国国立医学図書館（NLM）および国立生物工学情報センター（NCBI）の公式資料に基づいて作成しました。
